これまで２年に１回開催してきた全国大会は、全国各地の海洋少年団が実行委員会を設立し持回りで行ってきました。しかし、年々、実行委員会の負担は大きくなってきたため、大会運営の負担を減らし、無理なく継続して全国大会を開催することができるように、令和6年度からは、２年にわたり、1年目に「式典の部」を東京で、2年目に「競技の部」を全国各地区に分散して行うことになりました。1年目の「式典の部」は、海洋少年団活動の報告や長年海洋少年団活動を継続してきた団員や指導者の功績を讃える表彰等、2年目の「競技の部」では、日頃の活動内容としている手旗信号やロープワーク等の競技会や団員同士の交流会などを中心に行います。